精炼系统是《新雅典娜》的重要特色之一，通过强化卡牌或升级卡可将武器及防具进行精炼升级，升级后的装备属性会非常强大。随着物品精炼等级的不断提升，其属性值会成倍的增长，所以，要想成功的阻击埃斯坦西亚半岛的敌人，拥有精炼等级较高的装备是必不可少的。
　　要想精炼上等的装备就要准备好充足的材料，精炼材料分为武器类和防具类。当装备精炼到一定的等级后会有各种危险系数，如果失败可能会降低属性，甚至连同装备会一同消失。

　　武器和防具最高可精炼至“+20”属性，精炼过程中分为不同的阶段。武器和防具都有精炼的安全范围。武器通过“武器强化牌”可安全精炼到“+8”阶段，防具通过“防具强化牌”也可安全精炼到“+8”阶段。使用强化牌精炼武器或防具时，用鼠标拖动卡牌移动到要精炼的装备上，在安定值范围内可以100%精炼成功。